Działalność naukowa Wyższej Szkoły Cła i Logistyki obejmuje całokształt przedsięwzięć zmierzających do wzbogacenia myśli teoretycznej i rozwiązania problemów praktycznych dotyczących stosunków międzynarodowych, szczególnie w zakresie międzynarodowej współpracy celnej i międzynarodowej logistyki.
Działalność naukowa obejmuje przede wszystkim: badania naukowe, konferencje naukowe i rozwój naukowy nauczycieli.
Badania naukowe egzemplifikują się głównie w postaci prac badawczych, planowanych jako projekty badawcze Uczelni i tematy badawcze Katedr i Zakładów. Dotychczas opublikowano ponad 35 prac badawczych. Obecnie prowadzonych jest pięć uczelnianych projektów badawczych oraz kilka prac katedralnych. Do najistotniejszych należą: Stosunki RP z państwami sąsiednimi, Konflikty graniczne w Europie, Europejska przestrzeń bezpieczeństwa, Międzynarodowy przepływ towarów, Jakość kształcenia.
Celem konferencji naukowych jest prezentacja i weryfikacja osiągnięć naukowych, uzyskanych w czasie prowadzonych badań, a także wymiana poglądów i doświadczeń naukowych. Konferencje naukowe organizowane przez Szkołę mają charakter ogólnopolski, a niektóre nawet międzynarodowy. Dotychczas przeprowadzono dziesięć konferencji naukowych.
Planowanym rozwojem naukowym objęci są najbardziej aktywni i wartościowi nauczyciele. Uczelnia stwarza im preferencyjne warunki pracy, pokrywa część kosztów studiów doktoranckich, seminariów habilitacyjnych i zakupu literatury, udziela wsparcia w zakresie wydania prac promocyjnych i stosuje inne formy pomocy. Obecnie planowanym rozwojem naukowym i odpowiednim wsparciem objętych jest trzech habilitantów i dwie doktorantki.