Jednym z głównych warunków wysokiej jakości kształcenia w Wyższej Szkole Cła i Logistyki jest realizacja założeń wewnętrznego Systemu Jakości Kształcenia. Jest on zbieżny z międzynarodowymi standardami określonymi m.in. w Deklaracji Bolońskiej, z założeniami systemu szkolnictwa wyższego w Polsce, jak również typowymi rozwiązaniami stosowanymi w uczelniach Unii Europejskiej.

System ten obejmuje cały proces kształcenia studenta w Uczelni, odnosząc się do głównych czynników mających wpływ na jego właściwy przebieg i wysoką jakość.